La trilla es un proceso mecánico que permite separar el pergamino y la película del grano para dejar al descubierto la almendra, este proceso se hace en un equipo llamado Trilladora. Antes del proceso de la trilla es importante tener un grano limpio, libre de material duro o extraño que pueda deteriorar el equipo o desmejorar la calidad del grano; son importantes los materiales que se utilicen en la trilladora, esto permite un proceso más limpio y un mejor resultado en el grano.

En el mismo equipo que se realiza la trilla se hace la “retrilla” si es necesario para dejar completamente el grano de café listo para su tostión.
En la misma trilladora es importante tener el sistema de catadoras, este equipo permite por medio neumático y aprovechando los diferentes pesos de los granos separarlos por sus diferentes tamaños, siendo esto muy importante para la clasificación del café.

Después de la trilla y pasar por el catador, el grano queda clasificado en pasillas o grano vano, tercera clase, segunda clase, primera clase, caracol y granos gruesos. La clasificación del grano se realiza convenientemente separando por tipo, forma, tamaño y las exigencias del mercado el grano a tostar. La clasificación completa se hace dependiendo el destino final del grano; por ejemplo el excelso está compuesto de granos de tamaño grande y mediano de buen color, sin defectos y de caracol. Una clasificación minuciosa y consistente puede ser importante para obtener como resultado un mejor precio.
Los tipos de café de baja clase, quedan excluidos de la exportación, por razones evidentes en su comportamiento tanto físico como en los procesos de tueste.

La clasificación, no solo determina el tipo de café sino que también permite determinar la procedencia, diversidad de procesos, variedades, etc.
Para la apreciación de la calidad del grano se tiene en cuenta el tamaño, su conformación, color y el sabor en taza. Los granos grandes son los más apetecidos, salvo clases como la “Moka” o el “caracolito” que han adquirido fama. La conformación del grano se refiere a un índice de calidad, se prefieren granos completos que no tengan imperfecciones del beneficio, que tengan la cisura de la hendidura longitudinal, de la cara plana, bien cerrada y lo más recta posible. Lo granos deformes, imperfectos, flojos de contornos irregulares, con las cisuras entreabiertas o a medio cerrar, tienen menos aprecio.

El color es una característica importante y de mayor aprecio, ya que éste puede determinar en gran parte la calidad. Se prefieren granos de color verde azuloso y se consideran de mala calidad los granos de color amarillo o pajizo o quemado, los oscuros o ennegrecidos y los granos blancos o inmaduros, o los que sufrieron una mala fermentación, o almacenados sin estar bien secos, o los que están almacenados por mucho tiempo en condiciones adecuadas.